مسائل و مشکلات تولید محصولات در گلخانه بسته به شرایط اقلیمی که گلخانه در آن قرار دارد متفاوت است که در هر مورد جداگانه به آن می‌پردازیم.
گلخانه‌های اقلیم معتدل و سردسیر
مسائل و مشکلات گلخانه‌های اقلیم معتدل و سردسیر عبارتند از:
1. دمای پایین هوای بیرون در برخی از ماه‌های سال بخصوص زمستان
2. بارش برف و وزش باد
3. نور ناکافی در زمستان
به همین دلیل گلخانه‌ها در این مناطق باید دارای استحکام کافی در برابر باد ناشی از برف و باد باشند. سیستم گرمایشی در گلخانه‌های این مناطق ضروری است و دریافت نور کافی و آفتاب مناسب باید در نظر گرفته شود و در صورت نیاز از نور مصنوعی استفاده شود. در تابستان تهویه جهت خنک کردن و سایه دهی ممکن است نیاز باشد.
گلخانه‌های مناطق مدیترانه‌ای (نیمه حاره‌ای)
مسائل و مشکلات گلخانه‌های اقلیم مدیترانه‌ای و نیمه حاره‌ای عبارتند از:
1. دمای پایین‌تر از حد بهینه زیستی در شب‌های زمستان که داشتن سیستم گرمایشی را ضروری می‌کند.
2. دمای بالا در طول روز، حتی در فصل بهار.
3. رطوبت بالای محیط در طول شب.
4. وزش باد.
5. کمبود دی اکسید کربن در گلخانه‌های بسته در طول روز.
6. کیفیت پایین آب و منابع آبی کم.
بنابراین گلخانه‌های اقلیم مدیترانه‌ای باید استحکام بالا در مقابل باد، تهویه کارآمد، سیستم گرامایشی کارآمد برای شب در زمستان، دریافت نور کافی و پوشش گلخانه و ناودان‌هایی برای جمع آوری آب باران برای آبیاری باشند. در این مناطق، به علت بسته بودن گلخانه و کاهش غلظت دی اکسید کربن، غنی سازی گلخانه با دی اکسید کربن ضروری است.
گلخانه نواحی خشک
مسائل و مشکلات گلخانه‌های اقلیم خشک عبارتند از:
1. دما در طول روز ممکن است در گلخانه بینهایت بالا برود.
2. احتمال وزش بادهای قوی همراه با گرد و غبار و هجوم شن وجود دارد.
3. رطوبت بیرون گلخانه بر عملکرد داخل گلخانه تاثیر دارد.
4. غالبا در مناطق خشک کویری شبها سرد است.
5. منابع آب دارای سختی و شوری هستند و بر کیفیت رشد گیاه تاثیر منفی می‌گذارند.
به این دلایل گلخانه نواحی خشک، باید دارای تهویه خوب، استحکام کافی در برابر باد و گرد و خاک، سازه ضد باد، دارای خنک کننده تبخیری برای خنک کردن هوا و افزایش رطوبت در درون گلخانه باشند. در بعضی موارد سیستم گرمایشی برای ایجاد دمای مناسب در شب لازم است. ممکن است نیاز به دستگاه‌های شوری زدایی از آب برای نیاز آبیاری باشد.
گلخانه نواحی حاره‌ای
هر چند بیشتر گیاهان گلخانه‌ای متعلق به مناطق گرمسیری و نیمه گرمسیری هستند، اما در منطق گرمسیری نیز تولید گیاه در گلخانه سودمند و امکان پذیر است. تولید در فضای باد، تحت تاثیر بارندگی شدید و باد قرار دارد و لذا تولید گلخانه‌ای محصولات می‌تواند در طول سال انجام شود.
گلخانه در این مناطق باید دارای ویژگی‌های زیر باشد:
1. در برابر بادهای شدید و بارندگی‌های سنگین و تشعشع بالا محافظت شوند.
2. دارای سیستم تهویه قوی با راندمان بالا باشند.
3. به دلیل تشعشع بالا، پوشش پلاستیکی گلخانه دوام کافی داشته باشد.
4. آب باران برای فصول خشک سال جمع‌آوری شود.